Pod auspicjami Narodowego Instytutu Leków prowadzone są następujące ośrodki referencyjne i programy zdrowotne Ministerstwa Zdrowia:
- Krajowe Ośrodki Referencyjne
- Narodowy Program Ochrony Antybiotyków (NPOA)
Narodowy Instytut Leków jest również koordynatorem KLPR
