white spot        BIP BIP | KontaktFrançais | English

Zakład Mikrobiologii Molekularnej

 Kierownik prof. dr hab. Marek Gniadkowski

22 851-43-88    22 851-46-70 wew.230

Sekretariat
mgr Małgorzata Kravanja   22 84 11 222


Działalność Zakładu:

Pracownicy
Działalność dydaktyczna
Działalność naukowa
Badania usługowe/wyposażenie
Współpraca
Publikacje

Zespół

dr Anna Baraniak                         22 851-46-70 wew. 230
mgr Agnieszka Bojarska               
mgr Iwona Gawryszewska               wew. 306
Jadwiga Grotkowska                       22 841-57-69 wew. 208
dr Radosław Izdebski                     22 851-43-88 wew. 230
mgr Monika Machulska                   22 851-43-88 wew. 230
dr hab. Ewa Sadowy, prof. NIL          22 851-46-70 wew. 230
dr hab. Izabela Sitkiewicz, prof. NIL  22 841-57-69 wew. 288
mgr Paweł Urbanowicz                     22 851-43-88 wew. 230
dr Ewa Wardal                                22 851-43-88 wew. 230

Działalność dydaktyczna

  • Krajowe i międzynarodowe kursy podyplomowe z zakresu mikrobiologii i metod molekularnych typowania epidemiologicznego;
  • Szkolenia indywidualne naukowców z kraju i zagranicy w zakresie epidemiologii molekularnej;
  • Praktyki wakacyjne dla studentów UW, SGGW i innych uczelni wyższych;
  • Prowadzenie prac licencjackich i magisterskich studentów UW;
  • Wykłady i seminaria na posiedzeniach towarzystw naukowych;

Działalność naukowa

Prowadzona jest w zakresie:

  • analizy epidemiologicznej izolowanych w Polsce szczepów bakterii chorobotwórczych z zastosowaniem metod biologii molekularnej (PFGE, RAPD, PCR-RFLP, MLST)
  • wykrywania i badania mechanizmów oporności bakterii na leki metodami fenotypowymi i genetycznymi (PCR, hybrydyzacja, sekwencjonowanie DNA), w szczególności:
    • oporności pałeczek Gram-ujemnych na beta-laktamy nowych generacji
    • oporności enterokoków na glikopeptydy
    • oporności pneumokoków na beta-laktamy, makrolidy, fluorochinolony i tetracykliny
  • opracowania nowych strategii badania genów oporności i zjadliwości bakterii chorobotwórczych
  • adaptacji i udoskonalania metod typowania molekularnego drobnoustrojów

Projekty finansowane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego

  • Projekt badawczy 6 P05A 00721: "Molekularne badania mechanizmów oporności pałeczek P. mirabilis izolowanych z zakażeń w Polsce na antybiotyki β-laktamowe. Typy serologiczne szczepów lekoopornych oraz ich wrażliwość na bakteriobójcze działanie dopełniacza."
  • Projekt badawczy 3P05A 06223: "Analiza klonalności i molekularnych podstaw antybiotykooporności pneumokoków wywołujących zakażenia inwazyjne w Polsce."
  • Projekt badawczy 2P05D 08126: "Struktura klonalna populacji Staphylococcus aureus opornych na meticylinę (MRSA) w Polsce w świetle typowania molekularnego metodą MLST."
  • Projekt badawczy 2 P05D 01528: "Analiza molekularna glutamylendopeptydazy serynowej SprE, czynnika zjadliwości Enterococcus faecalis, oraz polimorfizmu kodującego ją genu w populacji E. faecalis izolowanych z zakażeń szpitalnych w Polsce."
  • Projekt badawczy 2P05D 09529: "Analiza klonalności niewrażliwych na antybiotyki tetracyklinowe izolatów Streptococcus pneumoniae wraz z określeniem molekularnych mechanizmów oporności na tę grupę leków".
  • Projekt badawczy N401 17832/3572: "Dynamika populacji Streptococcus pneumoniae opornych na penicylinę w Polsce."
  • Sieć "Biologia i biotechnologia bakteriofagów".
  • Projekt zamawiany PBZ-MNiSW-04/I/2007: "Ruchome elementy genetyczne bakterii - analiza molekularna i wykorzystanie do konstrukcji nowych narzędzi dla przemysłu biotechnologicznego."

Projekty współfinansowane przez Unię Europejską

  • VI Program Ramowy UE. Celowy projekt badawczy LSHM-CT-2003-503-335 (COBRA): "Zwalczanie oporności bakterii na antybiotyki poprzez poszerzanie wiedzy na temat mechanizmów molekularnych odpowiedzialnych za oporność na inhibitory syntezy ściany komórkowej." (ang. "Combating resistance to antibiotics by broadening the knowledge on molecular mechanism behind resistance to inhibitors of cell wall synthesis").
  • VI Program Ramowy UE. Celowy projekt badawczy LSHE-CT-2007-037410 (ACE): "Enterokoki oporne na leki: populacje w różnych niszach ekologicznych, horyzontalne przekazywanie genów, zdolności przystosowawcze i możliwości zapobiegania zakażeniom człowieka." (ang. "Approaches to control multi-resistant enterococci: studies on molecular ecology, horizontal gene transfer, fitness and prevention").
  • VI Program Ramowy UE. Celowy projekt badawczy LSHP-CT-2007-037941 (MOSAR): "Opanowanie lekooporności drobnoustrojów w szpitalu i jej rozprzestrzeniania się do środowiska pozaszpitalnego." (ang. "Mastering hospital antimicrobial resistance and its spread into the community").

Inne projekty międzynarodowe

  • Projekt KETEK: "Europejskie badania wrażliwości izolatów Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae i Haemophilus influenzae na telitromycynę i inne leki stosowane w leczeniu zakażeń." (ang. "Telithromycin: European epidemiological study in adult patients").

Inne projekty

  • Projekt Pseudomonas 2: "Wieloośrodkowe badania wrażliwości na leki szczepów Pseudomonas aeruginosa wywołujących zakażenia szpitalne w Polsce."

Działalność usługowa

Zakład oferuje usługi w zakresie

  • typowania molekularnego drobnoustrojów w ramach dochodzeń epidemiologicznych
  • przeglądowych badań lekooporności bakterii z uwzględnieniem mechanizmów warunkujących oporność

Aparatura

  • Sekwenator DNA ABI PISM 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems);
  • Sekwenator DNA 3100 Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems);
  • Aparat do PCR GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems);
  • Aparat do PCR PTC-200 Peltier Thermal Cycler (MJ Research);
  • System do elektroforezy pulsacyjnej CHEF-DR II i CHEF-DR III (BioRad);
  • Aparat do elektroporacji GENE PULSER II (BioRad);
  • Sonikator SONIFIER 250 (Branson);Zamrażarki - 86oC FREEZER (Forma Scientific) - 2 szt.;
  • Zamrażarka - 70oC VX350 Series 2 (Jouan);
  • Zestawy do elektroforezy;
  • System wizualizacji żeli Gel Logic 200 Imaging System (Kodak)
  • Spektrofotometr Lambda 25 (PerkinElmer Life and Analytical Science)

Współpraca

  • Instytutem Biochemii i Biofizyki PAN w Warszawie.
  • Ośrodkiem Badań Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej w Warszawie.
  • Katedrami lub zakładami mikrobiologii wyższych uczelni medycznych w Polsce.
  • Kilkudziesięcioma szpitalnymi laboratoriami mikrobiologicznymi w całym kraju.
  • Wydziałem Biologii UW, Wydziałem Chemicznym PW w zakresie szkolenia studentów (praktyki wakacyjne, prace licencjackie i magisterskie).
  • Licznymi zagranicznymi placówkami naukowymi (Austria, Belgia, Chorwacja, Czechy, Francja, Rosja).

Wybrane publikacje

  • E. Sadowy, J. Zhou, E. Meats, M. Gniadkowski, B. G. Spratt, W. Hryniewicz. 2003.
    Identification of multidrug-resistant Streptococcus pneumoniae strains isolated in Poland by multilocus sequence typing.
    Microb. Drug Resist. 9: 81-86
  • J. Fiett, I. Letowska, M. Gniadkowski, W. Hryniewicz. 2003.
    The new strategy for allele identification of the genes coding for pertussis toxin subunit S1 (ptxS1) and pertactin (prn) in Bordetella pertussis.
    J. Microbiol. Methods 55: 651-666
  • E. Literacka, J. Empel, A. Baraniak, E. Sadowy, W. Hryniewicz, M. Gniadkowski. 2004.
    Four variants of the Citrobacter freundii AmpC-type cephalosporinases, including two novel enzymes, CMY-14 and -15, in a Proteus mirabilis clone widespread in Poland. Antimicrob.
    Agents Chemother. 48: 4136-4143
  • J. Fiett, K. Kucharczyk, M. Gniadkowski. 2004.
    A new method of DNA preparation for pulsed-field gel electrophoresis analysis.
    J. Microbiol. Methods 59: 433-436
  • A. Baraniak, J. Fiett, A. Mrówka, J. Walory, W. Hryniewicz, M. Gniadkowski. 2005.
    Evolution of TEM-type extended-spectrum β-lactamases in clinical strains of the family Enterobacteriaceae in Poland.
    Antimicrob. Agents Chemother. 49: 1872-1880
  • E. Sadowy, R. Izdebski, A. Skoczyńska, M. Gniadkowski, W. Hryniewicz. 2005.
    High genetic diversity of ciprofloxacin-nonsusceptible isolates of Streptococcus pneumoniae in Poland. Antimicrob. Agents Chemother. 49: 2126-2129
  • E. Sadowy, A. Skoczyńska, J. Fiett, M. Gniadkowski, W. Hryniewicz. 2006.
    Multilocus sequence types, serotypes and variants of the surface antigen PspA in Streptococcus pneumoniae isolates from meningitis in Poland.
    Clin. Vaccine Immunol. 2006 13: 139-144
  • J. Fiett, A. Baraniak, A. Mrówka, M. Fleischer, Z. Drulis-Kawa, Ł. Naumiuk, A. Samet, W. Hryniewicz, M. Gniadkowski. 2006.
    Molecular epidemiology of the acquired metallo-β-lactamase-producing bacteria in Poland.
    Antimicrob. Agents Chemother. 50: 880-886
  • J. Fiett, M. Gniadkowski. Analiza genetyczna w bakteriologii i epidemiologii zakażeń. Biologia molekularna w medycynie.
    J. Bal (red.). Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2006.
  • E. Sadowy, R. Izdebski, A. Skoczyńska, P. Grzesiowski, M. Gniadkowski, W. Hryniewicz. 2007.
    Penicillin-nonsusceptible Streptococcus pneumoniae in Poland - phenotypic and molecular analysis.
    Antimicrob. Agents Chemother. 51: 40-47
  • M. Kawalec, Z. Pietras, E. Daniłowicz, A. Jakubczak, M. Gniadkowski, W. Hryniewicz, R. J. L. Willems. 2007.
    Clonal structure of Enterococcus faecalis isolated from Polish hospitals: the characterization of epidemic clones.
    J. Clin. Microbiol. 45: 147-153
  • D. M. Livermore, R. Canton, M. Gniadkowski, P. Nordmann, G. M. Rossolini, G. Arlet, J. Ayala, T. M. Coque, I. Kern-Zdanowicz, F. Luzzaro, L. Poirel, N. Woodford. 2007.
    CTX-M: changing the face of ESBLs in Europe.
    J. Antimicrob. Chemother. 59: 165-174
  • R. Izdebski, E. Sadowy, J. Fiett, P. Grzesiowski, M. Gniadkowski, W. Hryniewicz. 2007.
    Clonal diversity and resistance mechanisms in Streptococcus pneumoniae nonsusceptible to tetracyclines in Poland.
    Antimicrob. Agents Chemother. 51: 1155-1163
  • M. Kawalec, J. Kędzierska, A. Gajda, E. Sadowy, J. Węgrzyn, S. Naser, A. B. Skotnicki, M. Gniadkowski, W. Hryniewicz. 2007.
    Hospital outbreak of vancomycin-resistant enterococci caused by a single clone of Enterococcus raffinosus and several clones of Enterococcus faecium Clin.
    Microbiol. Infect. 13, 893-901
  • J. Empel, K. Filczak, A. Mrówka, W. Hryniewicz, D. M. Livermore, M. Gniadkowski. 2007.
    Outbreak of Pseudomonas aeruginosa infections with PER-1 extended-spectrum β-lactamase in Warsaw, Poland: further evidence for an international clonal complex.
    J. Clin. Microbiol. 45: 2829-2834
  • M. Gniadkowski. 2008.
    Evolution of extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) by mutation.
    Clin. Microbiol. Infect. 14 (Suppl. 1): 11-32
  • R. Izdebski, J. Rutschmann, J. Fiett, E. Sadowy, M. Gniadkowski, W. Hryniewicz, R. Hakenbeck. 2008.
    Highly variable penicillin resistance determinants PBP2x, PBP2b and PBP1a in isolates of two Streptococcus pneumoniae clonal groups, Poland23F-16 and Poland6B-20.
    Antimicrob. Agents Chemother. 52, w druku