white spot        BIP BIP | KontaktFrançais | English

Samodzielna Pracownia Modelowania Molekularnego i Nowych Technologii

(dawna Pracownia Metod Teoretycznych, Obliczeń i Informatyki)

Kierownik prof. dr hab. n. farm. Aleksander Paweł Mazurek
22 851-43-85
22 841-18-88 w. 369
p.mazurek@nil.gov.pl                    apmprof@yahoo.com

 


Działalność Zakładu

Działalność naukowa
Współpraca

Publikacje


Zespół Metod Teoretycznych

Prof. dr hab. Joanna Sadlej
22 851-52-30
22 841-48-69 wew. 355
j.sadlej@nil.gov.pl

Prof. dr hab. Jan Czesław Dobrowolski
22-851-52-30
22 841-48-69 wew. 355
j.dobrowolski@nil.gov.pl

Dr hab. Wojciech Ozimiński, prof. NIL
22 851-52-30
22 841-48-69 wew. 166
w.oziminski@nil.gov.pl

Dr Małgorzata Jarończyk
22 851-52-30
22 841-48-69 wew. 355
  m.jaronczyk@nil.gov.pl


Zespół Fizykochemiczny

Mgr n. farm. Krzysztof Pawłowski
22 841-48-69 wew. 447
k.pawlowski@nil.gov.pl

 

 

Działalność naukowa

Badania prowadzone są za pomocą metod chemii kwantowej i metod modelowania molekularnego z wykorzystaniem technik komputerowych. Najważniejsze problemy badawcze dotyczą:

• badania efektów podstawnikowych i inkorporacji heteroatomów,
• substancji aktywnych wobec receptorów histaminowych i serotoninowych oraz innych,
• wiązania wodorowego molekuł czynnych farmakologicznie,
• izomerii cząsteczek aktywnych biologicznie m.in. izomerii topologicznej, konformacji, tautomerii,
• spektroskopii IR, VCD i NMR molekuł o znaczeniu farmakologicznym,

Współpraca

 

  • Ośrodkami naukowymi w kraju:
    • Wydział Chemii UW
    • Wydział Chemii UJ
    • Instytut Chemii Przemysłowej
    • Instytut Chemii Fizycznej PAN
    • Instytut Chemii Organicznej PAN
    • Wydział Chemiczny Politechniki Rzeszowskiej
    • Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW.
  • Ośrodkami naukowymi za granicą:
    • University of Tromso w Norwegii;
    • Hebrew University w Jerozolimie,
    • Uniwersytet Isparta, Turcja.

Wybrane publikacje      

  1. A. Mazurek, J.Cz. Dobrowolski, The sEDA(=) and pEDA(=) Descriptors of the Double Bonded Substituent Effect, Org. Biomol. Chem. 11 (2013) 2997–3013.

  2. G. Karpińska, J.Cz. Dobrowolski, On constitutional isomers and tautomers of oxadiazolones and their mono- and disulfur analogues (C2H2N2XY; X,Y=S,O)Comp. Theor. Chem., 1005 (2013) 35-45.

  3. M. Barańska, M. Roman, J.Cz. Dobrowolski, H. Schulz, R. Barański, Recent Advances in Raman Analysis of Plants: Alkaloids, Carotenoids, and Polyacetylenes, Cur. Anal. Chem. 9 (2013) 99-118.

  4. W.P. Ozimiński, T.M. Krygowski, Comparative studies on C-H…F- hydrogen bond formation in benzene and exocyclically substituted pentafulvene derivatives, J. Phys. Org. Chem. 26 (2013) 575-582.

  5. W.P. Ozimiński, Theoretical study on solvent effect influence on 1,2,3-triazole tautomeric equilibrium. A comparison of incremental microsolvation and continuum solvation model approaches, Tetrahedron 69 (2013) 3197-3205.

  6. W.P. Ozimiński, M. Palusiak, J. Dominikowska, T.M. Krygowski, R.W.A. Havenith, C.M. Gibson and P.W. Fowler, Capturing the elusive aromaticity of bicalicene, Phys.Chem.Chem.Phys.15 (9) (2013) 3286 – 3293.

  7. M. Jarończyk, K. Wołosewicz, M. Gabrielsen, G. Nowak,I. Kufareva, A.P. Mazurek,  A.W. Ravna, R. Abagyan, A.J. Bojarski, I. Sylte, Z. Chilmonczyk, Synthesis, in vitro binding studies and docking of long-chain arylpiperazines nitroquipazine analogues, as potential serotonin transporter inhibitors, Eur. J. Med. Chem. 49 (2012) 200-210.

  8. J. Witowska-Jarosz, M. Jarończyk, A.P. Mazurek, I. Sylte, A.J. Bojarski, Z. Chilmonczyk, M. Jarosz, Mass spectrometric studies of new 6-nitroquipazines - serotonin transporter inhibitors, Anal & Bioanal. Chem. 402 (2012) 537-541.

  9. W.P. Ozimiński, Structural motifs, thermodynamic properties, bonding and aromaticity of sandwich complexes formed by alkaline earth metals with pentafulvene. A theoretical approach, J. Organomet. Chem. 708-709 (2012) 10-17.

  10. W.P. Oziminski, T.M. Krygowski,  S. Noorizadeh, Aromaticity of pentafulvene’s complexes with alkaline metal atoms, Struct. Chem.  2012, 23, 931–938.

  11. J.E. Rode, M.H. Jamróz, J. Sadlej, J.Cz. Dobrowolski, On VCD Chirality Transfer in EDA Complexes. A Prediction for the Quinine•••BF3 System, J. Phys. Chem. A, 150 (2012) 7916-7926.

  12. G. Karpińska, A.P. Mazurek, J.Cz. Dobrowolski, On Substituent Effect on the Benzodiazepinone System, Comput. Theoret. Chem., 993 (2012) 13-19.

  13. A. Mazurek, J.Cz. Dobrowolski, On Heteroatom Incorporation Effect on σ- and π-electron Systems. The sEDA(II) and pEDA (II) Descriptors, J. Org. Chem. 77 (2012) 2608-2618.

  14. J.Cz. Dobrowolski, J.E. Rode, J. Sadlej, Chapter 15: VCD Chirality Transfer: A New Insight into the Intermolecular Interactions, J. Leszczynski and M.K. Shukla (eds.), Practical Aspects of Computational Chemistry I: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends, © Springer ScienceCBusiness Media B.V. 2012

  15. M. Jarończyk, J.Cz. Dobrowolski, The 1-Deazapurine Derivatives, Tautomerism, Substituent Effect, and Aromaticity. A computational Study, Comput. Theoret. Chem., 974 (2011) 9-15.

  16. G. Karpinska, A.P. Mazurek, J.Cz. Dobrowolski, Hydroxyquinolines: constitutional isomers and tautomers, Comput. Theoret. Chem., 972 (2011) 48–56.

  17. J E. Rode, J.Cz. Dobrowolski, J. Sadlej, Phenylisoserine in the gas-phase and water: Ab initio studies on neutral and zwitterion conformers, J. Mol. Model., 17 (2011) 961–970.

  18. J.Cz. Dobrowolski, J.E. Rode, J. Sadlej, Ab initio simulations of the NMR spectra of β-alanine conformers, Comput. Theoret. Chem., 964 (2011) 148-154.

  19. W.P. Ozimiński, T.M. Krygowski, Effect of aromatization of the ring on intramolecular H-bond in 3-hydroxy-4-formylo derivatives of fulvene, Chem. Phys. Lett. 510 (2011) 53-56.

  20. G. Karpińska, A.P. Mazurek, J. Cz. Dobrowolski, On tautomerism and substituent effect in 8-hydroxyquinoline-derived medicine molecules, J. Mol. Struct. (Theochem), 961 (2010) 101-106.

  21. J.Cz. Dobrowolski, M.H. Jamróz, Robert Kołos, J.E. Rode, M.K. Cyrański, J. Sadlej, IR low-temperature matrix, X-ray and ab initio study on L-isoserine conformations, Phys. Chem. Chem. Phys., 12 (2010) 10818–10830.

  22. J. Sadlej, J. Cz. Dobrowolski, J.E. Rode, VCD spectroscopy as a novel probe for chirality transfer in molecular interactions, Chem. Soc. Rev., 39 (2010) 1478–1488.

  23. W.P. Ozimiński, T.M. Krygowski, P.W. Fowler and A. Soncini, Aromatization of Fulvene by Complexation with Lithium, Org. Lett.12 (2010) 4880-4883

  24. M.H. Jamróz, M.E. Jamróz, J.E. Rode, E. Bednarek, J.Cz. Dobrowolski, Interpretation of Vibrational and NMR Spectra of Allyl Acrylate. An Evidence for Several Conformers, Vib. Spec. 50 (2009) 231–244.

  25. W.P. Ozimiński, J. Cz. Dobrowolski, On the Substituent Effect. The Natural Population Analysis Approach, J. Phys. Org. Chem. 22 (2009) 769-778.

  26. J. Cz. Dobrowolski, On Homology Relation between Chemical Molecules, Croatica Chemica Acta, 82 (2009) 649-661.

  27. F. Herold, Ł. Izbicki, A Chodkowski, M. Dawidowski, M. Król, J. Kleps, J. Turło, I. Wolska, G. Nowak, K. Stachowicz, M. Dybała, A. Siwek, M. Nowak, E. Pieniążek, M. Jarończyk, I. Sylte A.P. Mazurek, The molecular interactions of buspirone analogous with the serotonin transporter, Eur.  J. Med. Chem. 44 (2009) 4702-4715.