Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej

Działalność naukowo-badawcza

• Badania nad czynnikami etiologicznymi zakażeń szpitalnych i pozaszpitalnych w Polsce,
  ich zjadliwością, lekowrażliwością oraz mechanizmami oporności na leki;
• Badania molekularnych mechanizmów zjadliwości i oporności wybranych gatunków bakterii Gram ujemnych i Gram dodatnich;
• Monitorowanie częstości występowania szczególnie niebezpiecznych patogenów
  tzw. „patogenów alarmowych” oraz mechanizmów oporności w skali całego kraju;
• Monitorowanie inwazyjnych pozaszpitalnych zakażeń bakteryjnych i charakterystyka izolatów
  je wywołujących;
• Identyfikacja, charakteryzowanie szczepów/klonów epidemicznych wybranych drobnoustrojów oraz poznawanie dróg ich rozprzestrzeniania, zwłaszcza struktury klonalnej populacji patogenów w Polsce celem podejmowania działań zmierzających do ograniczania ich rozprzestrzeniania
  się i działań profilaktycznych;
• Utrzymywanie kolekcji bakteryjnych kultur typowych i szczepów izolowanych z zakażeń
  i nosicielstwa dla celów naukowych i diagnostycznych (największa kolekcja patogenów bakteryjnych człowieka w Polsce „MIKROBANK” zawierająca ponad 70 000 szczepów);
• Ocena testów i sprzętu diagnostycznego oraz udział w badaniach klinicznych leków przeciwbakteryjnych, w tym nowych substancji.

Realizowane projekty badawcze

Projekty badawcze realizowane w ramach Unii Europejskiej

• ENABLE EU – European Gram Negative Antibacterial Engine.
• EU-JAMRAI – European Joint Action on antimicrobial resistance and associated infections.

Projekty badawcze Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego

• ENABLE PL – European Gram Negative Antibacterial Engine. Europejska inicjatywa poszukiwania nowych leków aktywnych  wobec bakterii Gram-ujemnych.
• SPUB Utrzymanie specjalnego urządzenia badawczego MIKROBANK 2,

Projekty badawcze Narodowego Centrum Nauki

•  NCN OPUS 11 – Wielolekooporne inwazyjne szczepy Streptococcus pneumoniae o serotypie 19A: nowe zagrożenie epidemiologiczne w Polsce.
• Fotoinaktywacja drobnoustrojów światłem widzialnym jako skuteczne narzędzie uwrażliwienia wielolekoopornych patogenów z grupy ESKAPE na działanie antybiotyków. Partner: Uniwersytet Gdański, Zakład Diagnostyki Molekularnej.
• NCN OPUS 11 – „Wielolekooporne szczepy Pseudomonas aeruginosa wytwarzające
  metalo-β-laktamazy w Polsce; rozwój sytuacji epidemiologicznej na przestrzeni ponad 10 lat (2005-2015)”

 Programy zdrowotne Ministerstwa Zdrowia

• NPOA – Narodowy Program Ochrony Antybiotyków na lata 2016-2020”.

 Inne projekty

• Nosopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae in children until 5 years of age by conventional culture and molecular methods – akronim GIL.
• „Grant badawczy na wsparcie systemu monitorowania pozaszpitalnych zakażeń inwazyjnych w Polsce potwierdzanych laboratoryjnie w Krajowym Ośrodku Referencyjnym ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego (KOROUN), działającego w ramach Narodowego Instytutu Leków” – akronim IT.
• Antimicrobial Surveillance Program, SENTRY.
• Antimicrobial Testing Leadership and Surveillance, ATLAS.

Działalność dydaktyczna

• Wykłady oraz szkolenia z zakresu mikrobiologii dla lekarzy, epidemiologów, mikrobiologów
  oraz innych pracowników służby zdrowia.
• Edukacja społeczeństwa w zakresie właściwego stosowania leków przeciwbakteryjnych
• Praktyki wakacyjne dla studentów UW i SGGW
• Wykłady w ramach fakultetu „Problem zakażeń szpitalnych. Racjonalna antybiotykoterapia w praktyce lekarza” oraz „The problem of hospital acquired infections. Rational antibiotic therapy
  in physician’s practice” organizowanymi przez Katedrę i Zakład Mikrobiologii Lekarskiej Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego
• Kierowanie i opieka nad wykonywaniem prac magisterskich

Działalność usługowa

• Potwierdzanie poprawności identyfikacji czynników etiologicznych i oznaczanie
  ich lekowrażliwości metodami referencyjnymi wraz z dokładnym wykrywaniem mechanizmów oporności bakterii odpowiedzialnych za szpitalne i pozaszpitalne zakażenia w Polsce
• Monitorowanie wrażliwości i mechanizmów oporności na leki, cech serologicznych drobnoustrojów i ich charakterystyka molekularna
• Ocena testów mikrobiologicznych i aparatury diagnostycznej
• Prowadzenie dochodzeń epidemiologicznych i opracowywanie ekspertyz epidemiologicznych
  we współpracy z personelem szpitali i Zakładem Mikrobiologii Molekularnej
• Opracowywanie raportów będących podstawą zaleceń w diagnostyce mikrobiologicznej
  i racjonalnej antybiotykoterapii
• Badania kliniczne nowych leków przeciwbakteryjnych (jako centralne laboratorium mikrobiologiczne lub laboratorium mikrobiologiczne koordynujące i nadzorujące pracę innych laboratoriów)
• Działalność konsultacyjna świadczona na rzecz laboratoriów mikrobiologicznych i lekarzy praktyków

Współpraca

Krajowa:

• Ministerstwo Zdrowia
• Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
• Narodowe Centrum Nauki
• Główny Inspektorat Sanitarny
• Wojewódzkie i Powiatowe Stacje Inspekcji Sanitarnej
• Polskie Centrum Badań i Certyfikacji
• Polskie Centrum Akredytacji
• Szpitalne i pozaszpitalne, publiczne i niepubliczne laboratoria mikrobiologiczne na terenie całej Polski
• Kliniki i oddziały szpitalne z terenu całej Polski
• Centralny Ośrodek Badań Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej (POLMICRO)
• Uczelnie wyższe w ramach wykonywanej działalności
• Instytuty naukowe

Międzynarodowa:

• European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)
• European Antimicrobial Resistance Surveillance Network – EARSS-Net (ECDC)
• SENTRY Global Antimicrobial Surveillance Program – Międzynarodowy, wieloośrodkowy projekt monitorowania oporności drobnoustrojów na leki
• Europejskie ośrodki referencyjne w zakresie działalności ZE
• Instytut Pasteura w Paryżu, Francja
• Pneumococcal Molecular Epidemiology Network (PMEN)
• European Surveillance of Antibiotic Consumption Network– ESAC-Net (ECDC)
• Centre for Molecular Epidemiology and Network of Epidemiology for Tracking Antibiotic Resistant
• Bacterial Pathogens in Southern and Eastern Europe (CEM/NET)
• European Monitoring Group on Meningococci (EMGM)
• European Meningococcal Epidemiology in Real Time (EMERT)
• National External Quality Assessment Scheme (UK NEQAS)
• European Listeria WGS Typing Group (ELiTE WGS)
• European Food- and Waterborne Diseases and Zoonoses Network (FWD-Net)

Najważniejsze publikacje naukowe z ostatnich lat

Azarian T, Mitchell PK, Georgieva M, Thompson CM, Ghouila A, Pollard AJ, von Gottberg A, du Plessis M, Antonio M, Kwambana-Adams BA, Clarke SC, Everett D, Cornick J, Sadowy E, Hryniewicz W, Skoczyńska A, Moïsi JC, McGee L, Beall B, Metcalf BJ, Breiman RF, Ho PL, Reid R, O’Brien KL, Gladstone RA, Bentley SD, Hanage WP. Global emergence and population Dynamics of divergent serotype 3 CC180 pneumococci. PLoS Pathog. 2018 Nov 26;14(11):e1007438.

Olczak-Pieńkowska A, Skoczyńska A, Hryniewicz W. Antimicrobial consumption and influenza incidence monthly trends in 2014 at the community level in Poland. Pol Arch Intern Med. 2018 Nov 7. doi: 10.20452/pamw.43

Cassini A, Högberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group (Żabicka D, Hryniewicz W). Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2018 Nov 5. pii: S1473-3099(18)30605-4.

Deplano A, Dodémont M, Denis O, Westh H, Gumpert H, Larsen AR, Larsen J, Kearns A, Pichon B, Layer F, Schulte B, Wolz C, Spiliopoulou I, Brennan G, Empel J, Hryniewicz W, de Lencastre H, Faria NA, Codita I, Sabat AJ, Friedrich AW, Deurenberg RH, Tristan A, Laurent F, Vandenesch F. European external quality assessments for identification, molecular typing and characterization of Staphylococcus aureus. J Antimicrob Chemother. 2018 Oct 1;73(10):2662-2666.

Izdebski R, Baraniak A, Żabicka D, Sekowska A, Gospodarek-Komkowska E, Hryniewicz W, Gniadkowski M. VIM/IMP carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in Poland: epidemic Enterobacter hormaechei and Klebsiella oxytoca Antimicrob Chemother. 2018 Oct 1;73(10):2675-2681.